Le Secrétariat Général est composé de deux Directions Générales, de la Direction des Affaires Administratives et Financières, de la Direction de la Planification, de la Prospective et du Suivi Evaluation, de la Personne Responsable des Marchés Publics, de la Direction des Projets, des Directions Régionales des Transports, du Service Juridique et du Service Médico-Social.

La Direction Générale des Transports Maritime, Fluvial et Aérien est composée de la Direction des Transports Maritime et Fluvial, la Direction du Transport Aérien, du Bureau Enquête Accident/Incident de l'Aviation Civile/Bureau de Réclamation de l'Aviation Civile, du Centre des Opérations Maritimes.

La Direction Générale des Transports Terrestres est composée de la Direction des Transports Routiers et de la Direction des Transports Ferroviaires.

Le Secrétaire Général seconde le Ministre dans l'exercice de ses attributions et assure la coordination de l'administration générale du Ministère. Il a autorité sur les Directeurs Généraux et les Directeurs du Ministère dont il coordonne et supervise les activités. Le Secrétaire Général exerce la tutelle technique des établissements publics et organismes rattachés au Ministère des Transports.